MATLAB e Simulink per la biologia computazionale

Analisi, visualizzazione e modellazione di dati e sistemi biologici

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I biologi specializzati in ambito computazionale usano i prodotti MathWorks per capire e prevedere il comportamento biologico servendosi dell’analisi dei dati e della modellazione matematica.

I prodotti MathWorks mettono a disposizione un ambiente unico e integrato che supporta la farmacocinetica (PK), la bioinformatica, la biologia dei sistemi, l’elaborazione di bioimmagini e la biostatistica.

È possibile utilizzare i prodotti MathWorks dedicati alla biologia computazionale per:

  • Importare, analizzare e modellare i dati e per condividere i risultati
  • Automatizzare gli elementi del workflow
  • Personalizzare algoritmi e strumenti essenziali allo sviluppo di metodi innovativi per lavorare con aree di ricerca inesplorate
  • Sfruttare strumenti e algoritmi comprovati e supportati commercialmente

“Ai ricercatori in genere interessano i risultati, non la programmazione. MATLAB ci consente di pensare a un livello di astrazione più alto e di dedicare meno tempo allo sviluppo, al debugging, ai test e alla creazione di grafici. Di conseguenza, riusciamo a ottenere risultati molto più velocemente.”

Prof. Gil Alterovitz, Massachusetts Institute of Technology e Harvard University

Analisi dei dati per la biologia computazionale

Mettendo a disposizione un ambiente integrato per la biologia computazionale, i prodotti MathWorks eliminano la necessità di lavorare con strumenti separati e incompatibili per le operazioni di importazione, analisi e condivisione dei risultati. Sarà possibile:

  • Eseguire svariate tipologie di analisi, tra cui le analisi a effetti misti non lineari, il sequenziamento, l’analisi di microarray, di alberi filogenetici, la spettrometria di massa e l’ontologia genetica
  • Importare dati da più sorgenti, quali database, formati file o hardware
  • Condividere risultati con report in HTML generati automaticamente, visualizzazioni dei dati o strumenti standalone
  • Parallelizzare le analisi dei dati per ridurre i tempi di calcolo
  • Automatizzare le analisi per implementare l’elaborazione in batch di processi contigui
SimBiology

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Simbiology Model Builder

Modellazione matematica per la biologia computazionale

I prodotti MathWorks mettono a disposizione un ambiente unificato per vari tipi di modellazione, come la farmacocinetica (PK) e la biologia dei sistemi. L’ambiente integrato consente di creare e analizzare un modello per prevedere e studiare le caratteristiche del proprio sistema biologico. Gli strumenti di modellazione grafica e programmatica in SimBiology consentono di:

  • Analizzare e visualizzare dati esterni, identificare un modello PK dalla PK Wizard e adattare il proprio modello in base ai dati esterni
  • Implementare una rete di reazione per studiare la dinamica di un sistema
  • Combinare modelli come PK con una rete biochimica
  • Condividere risultati con un report generato automaticamente

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